Con il Regolamento n. 851 del 21 aprile 2004 il Parlamento europeo e il Consiglio istituiscono un'agenzia europea indipendente per la prevenzione e il controllo delle malattie e definisce la sua missione, i suoi compiti e la sua organizzazione. Il regolamento si compone di 7 capitoli: 1) Disposizioni generali; 2) Procedure operative; 3) Organizzazione; 4) Trasparenza e riservatezza; 5) Disposizioni finanziarie; 6) Disposizioni generali; 7) Disposizioni finali.